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秘书科
协助局领导处理日常工作，协调机关政务工作；负责会议组织、文秘、档案、政务信息、保密、信访等工作及归口管理新闻宣传、出版工作；组织有关综合性报告、文件起草及办理人大、政协的建议、提案工作；拟订机关有关规章制度并组织实施；组织各级农业劳动模范评选的推荐及全市农业先进集体、先进工作者的评选、表彰工作；指导机关后勤服务工作；承办局机关并管理直属单位人事任免与考核、劳动工资、机构编制工作；组织指导直属单位机构与人事劳动制度改革，人事档案管理。
计划财务科
研究草拟农业产业政策，组织引导农业产业结构的合理调整、农业资源的合理配置；指导农业资源调查、区划和开发利用工作；研究提出主管产业发展战略和中长期规划、发展计划；负责农业经济统计、成本调查，开展农业经济发展宏观分析和预测；提出有关农业和农村经济发展的财政、税收、信贷、价格和保险的政策建议；组织农业固定资产投资项目、农业开发和示范性项目、农业利用外资项目的规划、计划管理、审查、申报和监督实施；编制主管部门支农资金的投资计划、直属单位事业费预算，组织指导局机关和直属单位国有资产管理，负责本局财务工作，管理指导直属单位财务工作；负责和组织本局系统和直属的审计工作。
种植业管理科
研究提出全市粮食、油料作物和茶叶、花卉、麻类、蚕桑、食用菌、中药材、瓜类等经济作物生产发展战略、规划、年度计划、政策建议和重大技术措施、阶段性生产管理意见，拟订粮食、油料作物、经济作物新产品开发、新技术试验计划并组织实施；研究提出粮油作物、经济作物的结构调整和区划布局；具体负责优质粮油产品质量标准的实施；负责基本农业保护区的规定、保护、监督管理和质量监测；负责指导粮食、油料作物、经济作物内部检疫、种质资源管理工作；负责粮食和经济作物生产基地、项目建设。
农村经济体制与经营管理科
贯彻实施农业和农村经济发展的有关政策措施，提出对农业和农村经济实行引导、支持、保护、调控的政策性建议；研究提出深化农村经济体制改革的意见；负责稳定和完善以家庭联产承包为主的责任制和统分结合的双层经营体制等中央在农村基本政策的贯彻落实；研究、指导农业社会化服务体系建设；负责组织指导农业产业化经营；指导乡村集体经济组织的建设、财务会计、资产管理和审计；指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包合同管理工作；组织对农村经济收支、农民收入与农民负担情况的监测，监督减轻农民负担和各项措施的实施，协作处理涉及农民负担的行政执法和案件查处；指导农村专业合作经济组织的建设；负责组织指导农村社会经济调查固定观察点的工作。
科教法制科
研究提出农业科研、教育、技术推广的发展规划、计划及有关规范性文件草案，组织实施科教兴农战略；组织指导农业科研教育体制改革；承办农业科研和技术推广项目遴选及组织实施工作，归口管理农业科技成果，组织农业新品种保护工作；负责农用地、宜农滩涂、宜农湿地、农村可再生产能源的开发利用以及农业生物物种资源保护和管理的协调监督工作；组织指导全市农业、农民教育培训；协调农科教结合；组织开展全市农业技术职称和农民技术职称评审及农业职业技能开发工作。
参与研究提出农业产业政策；负责组织或承办与农业有关的规章、规范性文件草案的起草、修改和审核工作；对其他部门起草的规章草案中有关农业和农村经济的条款提出审核意见；负责组织实施农业行政执法体系建设和行政执法工作；承担农业行政复议工作和重大行政应诉的通报、上报。
市场与经济信息科
负责全市主要农产品市场体系建设与发展规划并组织实施；组织协调农业生产资料市场体系建设与规范化管理；调配农业专项农用生产资料并监督使用；组织协调"唤篮子"生产基地建设；指导农产品及农业生产资料供求情况等农村经济信息的发布和农业信息体系建设；指导农产品加工与流通；指导并组织农业技术和农业产业质量标准的实施；组织种子、农药、肥料、农膜等农业投入品和农业各产业产品质量的监测，组织主管产业的质量认证工作；调查、收集、整理农情动态、负责处理农业灾害的有关工作。
糖业生产办公室
研究提出糖料作物生产发展战略、规划、年度计划、政策建议和重大技术措施、阶段性生产管理意见；组织建立健全糖料作物良种繁育推广体系：负责糖料作物种子种苗鉴定登记、生产认证、经营许可证及进出口审查工作；拟订糖料作物新品种开发、新技术试验计划并组织实施；负责国家糖料基地建设项目的申报立项和组织实施工作。
水果生产办公室
研究制订全市水果生产的发展战略、规划、指导性计划、政策建议和重要措施、阶段生产管理意见并组织实施：指导并管理水果示范区和水果生产基地建设项目；会同有关部门搞好水果加工与流通，协调生产、科研与加工的关系；负责水果种子种苗的质量监测、鉴定和监督管理；指导水果生产技术推广服务体系建设，负责水果生产情况的收集和统计工作。
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